Os fungos, juntamente com as bactérias heterotróficas, são os principais decompositores da biosfera, quebrando os produtos orgânicos e reciclando carbono, nitrogênio e outros compostos do solo e do ar. Fungos são organismos não fotossintetizantes que crescem rapidamente e, caracteristicamente, formam filamentos chamados hifas, as quais podem ser septadas ou asseptadas. Na maioria dos fungos as hifas são grandemente ramificadas, formando um micélio. Fungos parasitas geralmente têm hifa especializada (haustório) por intermédio da qual extraem carbono orgânico das células vivas de outros organismos. Os fungos, em sua maioria terrestres, reproduzem-se por meio de esporos, os quais usualmente têm dispersão pelo vento. Células móveis não são formadas em nenhum estágio de seu ciclo de vida. O glicogênio é o polissacarídeo primário de reserva. O componente principal da parede dos fungos é a quitina. A maioria dos fungos é sapróbia, isto é, eles vivem na matéria orgânica em decomposição. Muitos fungos são economicamente importantes para o homem coma destruidores de alimentos estocados e outros materiais orgânicos. O reino também inclui as leveduras, Penicillium e outros produtores de antibióticos, fermentadores de queijos e cogumelos comestíveis.

Os chamados fungos verdadeiros têm a categoria sistemática de Divisão e englobam três classes: arquimicetes, ficomicetes e eumicetes. Existem, no entanto, outros fungos cujas características apresentam divergências, como são os mixomicetes.

Mixomicetes

São organismos cujo corpo vegetativo é um plasmódio, isto é, um conjunto de elementos plasmáticos unidos e sem parede celular, pelo que se assemelham a uma ameba de grande tamanho. Durante muito tempo, os mixomicetes ocuparam uma posição intermédia entre o reino animal e vegetal, classificando-se desde há algum tempo entre os vegetais com a categoria sistemática de Divisão. O plasmódio contém numerosos núcleos, a sua delgada membrana permite-lhe emitir pseudópodes, com os quais se desloca e como é composto por abundantes
carotinóides, tem a cor vermelha ou amarelada. As células contêm também vacúolos.

Alimentam-se de bactérias protozoários e algas microscópicas, que são digeridos no interior de alguns vacúolos, enquanto outros se encarregam de acumular os resíduos e expulsá-los por meio de movimentos pulsativos. O ciclo reprodutor dos mixomicetes começa quando, em determinadas condições, o plasmódio se fixa ao solo e produz esporângios, contendo no interior numerosos esporos. Estes dispersam-se e, depois da germinação, formam uma célula flagelada que é capaz de se deslocar sobre uma superfície. A célula perde lentamente os flagelos e converte-se numa espécie de amiba chamada mixamiba. Mais tarde as mixamibas unem-se aos pares e dão lugar a um ovo ou zigoto. Por último, vários zigotos desenvolvidos unem-se constituindo uma novo plasmódio.

Arquimicetes

São os fungos mais sensíveis, pois quase não têm micélio e partilham várias características com os mixomicetes. Têm uma fase amibóide e outra flagelada.

Formam plasmódios plurinucleados que produzem esporos ciliados (zoósporos) e gametas. Vivem sobre tecidos vegetais como saprófitas ou parasitas, penetrando no interior das células afetadas, sendo agentes causadores de diversas doenças em plantas cultivadas, como por exemplo, a verruga-negra da batata e a pôtra da couve.

Ficomicetes

Os ficomicetes ou (conforme a etimologia do termo) fungos-algas, recebem esta última designação pela semelhança do seu micélio com o talo de algumas algas. Este micélio, sem membranas transversais, tem o aspecto de um tubo (tubuliforme) às vezes ramificado, e apresenta numerosos núcleos. Reproduzem-se por meio de esporos flutuantes com um ou dois flagelos (zigósporos), e sexuadamente através da união de gâmetas, que podem ser iguais ou diferentes.

Eumicetes

Esta classe, a dos fungos superiores, é a mais evoluída das três que se consideram. Possuem um micélio pluricelular bem desenvolvido, internamente dividido por membranas transversais. Para se reproduzirem, desenvolvem uns corpos frutíferos, bem diferenciados do resto do micélio, que produzem esporângios de dois tipos: células grandes de forma tubular ou globosa situadas no extremo das hifas férteis (recebendo o nome de ascos que contêm no seu interior os ascósporos) e células terminais das hifas, dilatadas, com quatro prolongamentos no extremo, em cada um dos quais se encontra um esporo; estas formações recebem o nome de basídio e os esporos que contêm o de basidiósporos. Os fungos com o primeiro tipo de esporângio, ou seja, os ascos, chamam-se ascomicetes, e os segundos basidiomicetes. Estes dois grupos têm a categoria sistemática de subclasse.

Ascomicetes

Estes fungos, envolvendo cerca de 20 000 espécies, possuem um micélio muito desenvolvido, com hifas e células de um ou vários núcleos.

Nas espécies menos evoluídas, os ascos não apresentam protecção, enquanto as mais desenvolvidas têm uma estrutura de forma globosa ou alongada (ascocarpo) que contém os ascos. Estes produzem geralmente 4 ou 8 esporos (ascósporos), muito raramente 16 ou 32. Os ascos reúnem-se, com frequência, numas estruturas chamadas himénios, que contêm as hifas estéreis. Em alguns fungos deste grupo, como as trufas, os ascos encontram-se incluídos numa massa que é, neste caso, um corpo comestível.

Além dos ascósporos, os ascomicetes produzem também outro tipo de esporos, os chamados conídios, que se originam em hifas especiais. Os ascomicetes incluem espécies parasitas, saprófitas e simbiontes. Algumas delas causam doenças nas plantas, se bem que, por vezes, as substâncias que produzem tenham aplicações médicas, como é o caso da cravagem do centeio (Claviceps purpurea), que contém vários alcalóides. Os míldios causam grandes prejuízos na agricultura. A eles pertencem também numerosos bolores dos frutos e géneros como Penicillium, que são produtores de antibióticos. As leveduras são fungos deste tipo que se utilizam nas fermentações alcoólicas para obtenção de vinho e cerveja. Entre os ascomicetes macroscópicos encontram-se alguns comestíveis, como as já mencionadas trufas, muito apreciadas pelo seu aroma, e diversas espécies de cogumelos do gênero Morchella.

Basidiomicetes

Compreendem cerca de 15 000 espécies de fungos muito evoluídos, incluindo a maioria dos conhecidos "cogumelos", tanto comestíveis como venenosos. O corpo frutífero, estroma, tem a forma de um pé ou estirpe que sustenta um "chapéu" ou umbráculo. O himénio que contém os esporos encontra-se na parte inferior do chapéu.
Os esporos, geralmente em número de quatro, ao caírem num substrato adequado germinam e produzem um micélio primário que irá, por sua vez, produzir outros esporos; em seguida, estes formam um micélio secundário. Os fungos deste grupo crescem em todas as regiões de clima temperado e quente.

Entre as espécies mais apreciadas em Portugal, podem citar-se: o míscaro-da-terra, Lepiota procera, de cor branca manchada de castanho escuro; o míscaro-amarelo, Tricholoma equestre; o cogumelo-de-leite, Lactarius deliciosus, avermelhado-claro manchado de verde; os tortulhos, Psaliotta arvensis e P. campestris, cor-de-rosa com chapéu tracejado a amarelo; o boleto-bom ou pão-de-ló, Boletus edulis, de chapéu castanho escuro e pé esbranquiçado. A espécie Amanita phalloides, com o chapéu amarelo e o pé branco tracejado de amarelo, é um dos cogumelos mais venenosos, sendo mortal. Pertencem também aos basidiomicetes as ferrugens, que causam grandes prejuízos nas culturas de cereais.