Una vez consolidado el poder de la Iglesia Católica sobre Europa al principio de la Edad Media, los herejes pasaron  a ser considerados enemigos de la sociedad. El crimen de la herejía fue definido como un acto deliberado de negación a los artículos de la Fe Católica y su pública y obstinada persistencia en el supuesto error.  

Originalmente la represión de las herejías fueron organizadas como Cruzadas  hasta la llegada del Papa Gregorio en el año 123 quien instituyó la Inquisición para el arresto y juicio de los herejes. La palabra  "inquisición" deriva del verbo latín (inquirir). Los Inquisidores no esperaron por las denuncias y se abalanzaron sobre los pueblos para buscar y cazar a personas para acusarlas de herejía. Aunque la Inquisición fue creada para combatir a las herejías Cátara y Waldense, la  Inquisición mas tarde extendió sus actividades para incluir brujas, adivinos, blasfemos, y otros sacrílegos.

Otra causa por la cual el Papa Gregorio IX creo la  Inquisición fue para instalar orden y legalidad al proceso de ajusticiamiento de la herejía, porque existía la tendencia de las multitudes lideradas por curas locales a quemar personas vivas sin juicio. Otra razón fue que despues de las cruzadas se exterminó toda competencia contra la Iglesia, y la Inquisición quedó como cuerpo policial/para-militar para la prevención de resurgimientos ideológicos, poniendo a su disposición todas las armas de captura, interrogación y desaparición de los subversivos. Superficialmente se dice que la intención del Papa Gregorio fue la creación de una corte de investigación  para inquirir sobre los pensamientos y creencias de las personas. Si estos pensamientos o creencias no estaban dentro de la estructura Católica entonces el librepensador o hereje era "instruido" en doctrina ortodoxa. La esperanza cristiana era que el hereje viera la falsedad de sus opiniones y que retornara obedientemente al seno de la Iglesia. Si él  continuaba con sus ideas, el Papa Gregorio,  creía necesario la entrega del reo a las autoridades civiles para asegurar la protección de la  comunidad católica. El hereje era entregado a las autoridades civiles debido a que  la libertad de pensamiento y culto no solo violaba la ley de la Iglesia sino también la ley de los Reyes Católicos. Las autoridades civiles aplicaban su propia pena por el crimen de la libre expresión, el cual incluía la quema en la hoguera.

Los Inquisidores o jueces de esta Inquisición Medieval eran reclutados exclusivamente de las ordenes Franciscanas y Dominicanas. Al principio de la creación de esta institución, los Inquisidores recorrían la campiña en busca de herejes, pero esta práctica no duró mucho. Al poco tiempo los Inquisidores adquirieron el derecho de emplazar a los sospechosos  de su casa directamente a la corte Inquisidora. La organización medieval funcionó limitadamente en el norte de Europa, pero fue en Francia y en el norte de Italia donde encontró su centro de trabajo. Esto corresponde a los centros de cultura y pensamiento de la época.

A través de la historia de la Inquisición existió la rivalidad entre las jurisdicciones eclesiásticas y seculares. Pero la Iglesia, siendo el poder absoluto, dictó en cuestión de fe y manipuló a los reyes a su gusto estableciendo así su control sobre la vida civil. Un rey por no obedecer podía quedar en condición de pordiosero con  el simple acto de ser excomulgado y de esta forma manipulaban a toda Europa mediante el terror. No solo a pobres viejas parteras y curanderas, filósofos y científicos sino también al mismo rey. 

LA INQUISICIÓN ESPAÑOLA

La segunda variedad de Inquisición fue la infame Inquisición Española, autorizada por el Papa Sixto IV en 1478. El Papa trato de mantener la armonía entre los inquisidores y los ordenados pero le fue muy dificíl manipular a los Reyes Católicos Fernando V e Isabel. Debido a esto, Sixto reconoció la independencia de la Inquisición Española. Esta institución sobrevivió hasta el siglo XIX y fue permanentemente abolida por decreto el 15 de Julio de 1834.

Explicada brevemente la compleja trama que se teje en este período, superando los simplismos unilaterales, las causas principales que adicionalmente aparecen ante nuestros ojos son las siguientes:

El Peligro Judío

Indiscutiblemente la causa más importante que directamente motivó la creación del Tribunal hispano fue el denominado "peligro o amenaza judía". Las graves crisis económicas que sacudieron Europa durante los siglos XIV y XV, a las cuales contribuyeron las pestes y epidemias que fueron sobrevividas por los judíos debido a su régimen de limpieza muy diferente al cristiano que consideraba la limpieza como pecado. Se conoce de casos donde se daba como pena un baño (o el caso del Rey Felipe que murió comido por los piojos y hecho santo por su fe.) A su ver, ésto originó una caída demográfica sin precedentes, condujeron al empobrecimiento masivo de la población y a restricciones económicas de la corona. En medio de la crisis, los únicos que consolidaban sus posiciones económicas eran los prestamistas y los arrendatarios de los tributos reales, oficios virtualmente monopolizados por los judíos debido a que la Iglesia prohibía estas profesiones a cristianos. Éstos se habían convertido en dueños de las finanzas hispanas. Una de las razones de tal situación era el hecho de que los préstamos con intereses se consideraban moralmente cuestionables por estar incursos en el pecado de usura, mientras que los judíos los consideraban perfectamente lícitos.  Por si fuera poco, los judíos eran vistos como un Estado dentro del Estado pues, antes que buenos y leales súbditos de la corona eran, por sobre todo, judíos: una nación sin territorio y, por ende, en busca de uno  propio.

Estas razones y la intolerancia religiosa cristiana alimentaron el antisemitismo,  En ese contexto, se produjeron diversos sucesos y protestas anti-judías que echaban la culpa de todos los males de la época a la benevolencia de las autoridades para con el "pueblo asesino de Cristo" por lo cual supuestamente Dios castigaba a la población.

Al ser establecida la Inquisición, durante los primeros años de su existencia se encargó principalmente de controlar a los judeo-conversos ya que, para ser procesado por el Tribunal, el judío tenía que haberse hecho, libre y voluntariamente, católico. Sin embargo, la situación de los conversos se complicó pues se veían presionados por sus familiares y allegados judíos para que retornasen a su antigua religión y, al hacerlo, incurrían en apostasía y, por ende, se sujetaban al control de la Inquisición. Después de haber fracasado todos los intentos de los monarcas por asimilar a los judíos pacíficamente, terminaron por decretar la expulsión de todos aquellos que no se convirtiesen al cristianismo. Antes que de España, los judíos habían sido expulsados de Inglaterra, Francia y otros reinos; además, habían sido víctimas de crueles matanzas y persecuciones en Alemania.

Por otro lado, en la etapa de reconquista de los territorios ocupados por los musulmanes se formaron dos grandes reinos católicos: Castilla y Aragón. Isabel de Castilla se casó con Fernando, príncipe heredero de la corona de Aragón; cinco años después, Isabel se convirtió en Reina de Castilla y, en otro lapso igual, Fernando fue coronado como Rey de Aragón. El matrimonio de ambos no originó la unificación de España porque ambos reinos seguían siendo independientes el uno del otro. Isabel y Fernando concibieron el proyecto de centralizar en ellos el poder político, anteriormente disperso en la nobleza, llevando a la unión de sus coronas en un solo Estado. Para ello, entre sus primeras medidas, procedieron a crear cinco Consejos Reales, uno de los cuales fue el Consejo de la Suprema y General Inquisición. Esta es la primera institución que con un solo jefe común -el Inquisidor General- para ambos reinos, tuvo bajo su poder toda España y sus colonias. Así, los reyes emplearon la unificación espiritual con una finalidad claramente política: la unidad española. De esta manera nació España, forjada en la milenaria lucha contra los infieles, consolidada en las pugnas contra los judaizantes, alimentada en las guerras con los protestantes, confirmada en la vasta tarea de evangelizar todo un nuevo mundo; baluarte de la Fe Católica; siempre defensora de la cristiandad y de la fidelidad a la Iglesia, siempre devota.

Procedimientos

Cuando una persona era denunciada ante el Santo Oficio por algún delito que estuviera comprendido en sus competencias, era investigada por los inquisidores. Así, el Tribunal tenía competencia sobre los siguientes tipos de delitos:

Contra la fe y la religión: herejía, apostasía, judaísmo, blasfemia, etc.

Contra la moral y las buenas costumbres: bigamia, lectura, comercio y posesión de libros e imágenes prohibidas por obscenas, etc.

Contra la dignidad del sacerdocio y de los votos sagrados: decir misa sin estar ordenado; hacerse pasar como religioso o sacerdote sin serlo; solicitar favores sexuales a las devotas en confesión, etc.

Contra el orden público: lectura, comercio y posesión de libros de autores subversivos -sobre todo de los revolucionarios franceses-; lectura, comercio y posesión de libros de autores contrarios a la corona, a España o a la Iglesia, etc.

Contra el Santo Oficio: en este rubro se consideraba toda actividad que en alguna forma impidiese o dificultase las labores del tribunal así como aquellas que atentasen contra sus integrantes.

El Tribunal tenía, entre sus atribuciones, la capacidad de confiscar las propiedades de los acusados. El secuestro de bienes era dispuesto por los inquisidores y, en los casos en que se demostrase la culpabilidad del reo, se le solían expropiar definitivamente. Esto llevó al interés creciente en hallar herejes entre los conversos de fortuna cuantiosa como una fuente de recursos económicos adicionales para una siempre sedienta Iglesia.. En España, durante los primeros años de su funcionamiento, este Tribunal tuvo una ingente cantidad de recursos; pero, al menos desde el siglo XVIII, no eran suficientes para cubrir sus propios gastos; entonces, el Tribunal debía recurrir al apoyo de la corona, la que aseguraba la continuidad de sus funciones.