Funkce Čištění umožňuje odstranit některé soubory z archivu automatizovaně. Používáte-li systém kontroly verzí
jako CVS nebo Subversion, určitě nebudete chtít archovovat skryté složky CVS a .svn. Podobně, BetterZip odfiltrovává soubory rozbaléné z archivu, např., soubory databáze Thumbs.db, které Windows přidává do složek pro ukládání náhledů.
BetterZip používá vyhledávání vzorů (opakující se výrazy) k nalezení takových souborů a odstraní je pouhým kliknutím na tlačítko. Pro úpravu tohoto vzoru stiskněte tlačítko Čištění v panelu předvoleb.
Chcete-li zjistit, co regulární výrazy jsou a jak fungují, přečtěte si tento Wikipedia article nebo najděte na Google velké množství výukových programů.