KMJ mempunyai 6 blok kediaman di mana 4 blok dikhaskan kepada pelajar wanita dan 2 blok bagi pelajar lelaki. Disamping itu, disediakan  juga bilik bagi pelajar 'disabled' bagi kemudahan golongan OKU di setiap blok.Setiap blok diberi nama mengikut nama ilmuan islam seperti Al -Zahrawi, Al-Kindi,Al-Jazari, Al-Razi , Al Biruni,

 Al-Khawarizmi.