日本媒體報道，日本防衛廳已經成立了20人專門小組，以加快執行防衛廳升格為省的法律準備工作。

日本正式就一名派駐上海的外交人員於04年5月自殺向中國提出抗議，該名外交官死前留下遺書稱受到中國特工威脅要求交出國家機密，否則會公開他與一名卡拉OK女郎的關係。日本外務省發言人香取義德表示，日本已要求中國澄清事實，但迄今仍未有回覆。日本內閣官房長官安倍晉三則指這是「令人遺憾的事件」，稱向領事人員施壓違反國際公約。

據《共同社》、《朝日新聞》等日本媒體報道，日本首相小泉純一郎在27日晚間與部分執政黨高層人士的聚會中表示，他一直說中國的發展對日本是機遇，而對於中國的軍事力量增長，從未說過這是「威脅」。小泉又稱，將防衛廳升格為省是國家的基本原則， 他將 爭取在任期內完成。

日本外相麻生太郎在內閣會議結束後的記者會見上說，「鄰國有10億人口，擁有原子彈，軍費開支連續17年保持兩位數增長，而具體內容的透明度卻極低，正在成為相當程度的威脅。」這是小泉歷屆內閣首次有閣僚在公開場合鼓吹「中國威脅論」。

中國外交部發言人秦剛則回應稱，「中國堅持和平發展道路。中國的發展為地區和世界的和平穩定作出了世人公認的貢獻，給包括日本在內的亞洲國家帶來了巨大的發展機遇，這是有目共睹的事實。作為日本的外相，發表這樣的言論是極不負責任的。人們不禁要問，日本外相此時煽動毫無根據的中國威脅論調，到底意欲何為？」

日本天皇明仁接受由日本皇室新聞團安排的採訪時說，「在昭和初年至昭和二十年終戰，日本基本上未曾有過和平日子」，呼籲國民要努力正確理解過去和認清將來，「我相信，努力正確理解過去的歷史及其後的時代，不僅對日本人本身，對日本人與世界各國人民交流也是極為重要的。」明仁又說，「我相信日本人在與時並進的同時，力求準確地理解這過去的歷史是極端重要的。」他最近在接受皇宮記者團訪問時說：「當日本人民與世界其他民族互動時，這點也是很重要的。」

日本首相小泉純一郎宣佈不把設立國立戰歿者追悼設施調查費列入二○○六年度政府財政預算，「因為有各種各樣的意見，目前不列入預算為好，稍放一段時間可以冷靜思考」。

日本廣播協會電視台報道，日本政府決定不在明年度的預算方案中，撥款作修建新追悼陣亡者設施調查費。

日本首相小泉純一郎在東亞峰會簽署《吉隆坡宣言》時突然向鄰座的中國總理溫家寶借筆，最初溫家寶似視不見，但在大馬總理巴達維請求下，面帶笑容的溫家寶於是將筆交給小泉。 兩人隨後亦握手，緩和場內緊張的氣氛。中國外交部發言人劉建超表示，「大家均清楚看到峰會內發生的事，但中國對中日曆史問題的態度沒有改變。」外交部長李肇星也表示，「日本那一個領導人，一而再，再而三地通過表示他對甲級戰犯的崇拜，嚴重傷害了亞洲二次大戰當中受侵略國家人民的感情，這是不能接受的。德國現在沒有哪一個領導人還朝拜希特勒和納粹分子。」

日本東京高等法院駁回4名已故韓國二戰勞工的遺屬，要求被告向每個勞工的家庭賠償2000萬日元之欠付勞工工資上訴，理由是1965年日韓簽署實現雙邊外交關係正常化的條約放棄了韓國勞工對日本政府的索賠權。這4名勞工二戰期間從韓國被抓到日本，並被強迫在日本北部巖手縣釜石的日本鋼鐵公司（新日本制鐵公司前身）做工。

日本首相小泉純一郎表示，「我到靖國神社參拜，是反省過去，向死者表示敬意，及表達不再發動戰爭的決心。」對中日韓峰會告吹，他說「兩個國家不可能沒有不同意見。我無法明白中國為何因為一個問題，不舉行峰會…… 我認為，假以時日，我的立場最終會得到諒解。」

日本官員透露，日首相小泉純一郎向東盟各國領導人表示，「我不懂為何我們只因一件事情而就不能舉行會晤」。傳媒報道稱，小泉說的「一件事情」是指參拜靖國神社。

原定在東盟會議期間舉行的中日韓外長會議取消，中國外長李肇星解釋說， 「某些國家的領袖仍然拜祭戰犯，這肯定是錯的。一個重要國家一名重要領袖這麼傲慢，而且公然傷害其他亞洲國家人民的感情，這是什麼行為？有人能接受嗎？沒有人可以。這錯誤必須糾正。」

日本民主黨黨首前原誠司在美國華盛頓戰略與國際研究中心發表題為《民主黨的藍圖》的 演講時說，「中國軍事力量的增強及其現代化是個現實威脅。日本必須採取毅然措施，抑制中國的膨脹」。他還強調，「日本必須毅然應對中國在東海的油氣田開發問題。如果中方的開發成為既成事實，日本就必須在爭論區域進行試開採。」

前原又稱，為確保馬六甲海峽經印度洋至波斯灣這條輸油路線的安全，日本必須改變目前「依靠美軍」的現狀，對於周邊1000海里外的海上交通安全措施，「日本應該自己負起責任「，「為達到這個目的，應該修改憲法，擴大自衛隊的活動範圍和活動能力「。針對第三國發射導彈等「周邊事態」，前原認為日本可以行使集體自衛權。現行憲法限制了集體自衛權的使用，那就需要修改憲法，「集體自衛權的行使應基於日本自己的判斷」。

日本外相麻生太郎發表題為「我的亞洲戰略」的演說，「日本過去曾為亞洲多國以及中韓人民帶來傷害，我們深切瞭解這個事實。我也相信，日本必須繼續深刻反省，同時我強烈希望中韓兩國能著眼於日本過去60年內所做的一切。」可是，他在接受採訪時表示，「我沒有打算向小泉首相進言要求他停止參拜靖國神社。作為一國的首相不應該就因為中國和報紙上說了，就停止他一直做的事情。這是他自己做判斷的事情。」

日本首相小泉純一郎稱，「靖國神社並不能作為外交牌。無論中韓兩國如何試圖將之作為外交籌碼，都起不到任何作用。我覺得提出批評是十分奇怪。」小泉又指，「除了靖國以外，日中、日韓間應得到重視的問題很多。僅僅因為在一個問題上存在分歧就把其他問題也搞僵，（我個人）並沒有這樣的打算。」

《讀賣新聞》援引日本政府一名消息人士說，一個由日中兩國官員組成的組織將會成立，在二○一二年之前，把遺留在中國的四十萬個炮彈殼清理掉。日方將負擔所有清除費用，預計金額為8.076億美元。報道說，兩國亦即將簽訂正式協議為合作開路，06年亦將在吉林省的哈爾巴嶺動工興建清理化武的設施。

日本最高法院第一小法庭對橫濱高島教科書訴訟案作出終審判決，支持認為政府審核教科書合法的二審判決，駁回了琉球大學教授高島伸欣的上訴。此案於1993年提起訴訟，可以說是已故的東京教育大學名譽教授家永三郎提起的一系列教科書訴訟的延續。同時此案也是日本1989年教科書審核制度簡化並全面修改後，首次就審核是否合法出現爭議。

自民黨海洋權益特別委員會透露，為了保護行駛於專屬經濟水域（EEZ）周圍的船隻，該委員會擬定了一份《有關海洋建築物的安全水域的法律草案》。該委員會將於近期內在相關部門會議上進行磋商，希望於06年1月提交國會。根據該法案，日本將在大陸架上或專屬經濟區內的設施周圍建立一個五百米的安全區。

中國外交部亞洲司長崔天凱表示，12月在吉隆坡舉行的第九次東盟與中日韓領導人會議和首屆東亞峰會期間，中日領導人不可能舉行雙邊會晤，因為日本首相小泉純一郎堅持參拜供奉甲級戰犯的靖國神社，「在這種情況下，日本方面希望一切照常，像甚麼也沒發生過，這是不可能的，這是一種自欺欺人的做法。」同時，南韓外長潘基文也表明，南韓無計畫在12月的東盟會議期間，安排總統盧武鉉和小泉純一郎會面。

日本首相小泉純一郎在自民黨總部警告鄰國不要將參拜靖國神社作為「外交牌」，「我不明白為何受到批評，這與思想自由有關。在任何國家，均有參拜戰爭亡魂及祈求和平的方式。雖然彼此間有少許分歧，但我們不應因此令整體關係複雜化，參拜靖國神社不能被當作外交牌。」

日本《產經新聞》報道稱，「在中國海軍潛艇活躍於東支那海（註：東海）日中中間線附近以及尖閣諸島（註：釣魚島）周邊海域的情況下，防衛廳開始著手開發高性能的新一代潛艇聲吶，以提高在深度較淺的該海域的作戰能力」，總開發費用約為三十九億日圓 。

日本防衛廳決定，擴大自衛隊軍職官員在防衛廳內部的權限，給予高級軍職官員與文職官員同樣的直接輔佐防衛廳長官的權力。自二戰結束以來，日本一直奉行以文職官員領導自衛隊的方針，以限制軍職官員的職權。據現行體系，有權直接輔佐防衛廳長官的只有由高級文職官員組成的決策機構－防衛參事局。這些文職參事官的職責是，協助防衛廳長官指揮和監督自衛隊，管理防衛事務。

日本自民黨在慶祝建黨50週年之際，通過了旨在「讓日本在國際安全事務上發揮更大作用」的新憲法草案。根據這個草案，日本自衛隊將於06年「升格」為「自衛軍」，日本防衛廳也將「升格」為「防務省」，增加了「日本可擁有用於自衛的軍事力量，軍事力量可以參加國際安全行動」的條款。此外，草案在日本現行憲法第20條第3款「禁止國家的宗教性活動」後附加了「除了屬於社會禮儀範圍內的情況」，這為日本高官和國會議員以公職身份參與宗教活動掃清了障礙。

日本首相小泉純一郎在參加亞太經合組織第十三次領導人非正式會議後舉行的記者招待會。他表示將繼續參拜靖國神社，並辯稱，他是以一個普通日本國民的身份參拜靖國神社。在被問及是否支持「二戰是日本的防衛戰爭，南京大屠殺沒有發生」的觀點時，小泉回答「不支持」，並表示「以對戰爭的反省為基礎，從不能再戰的想法出發」。

韓國總統盧武鉉在APEC峰會舉行期間與日本首相小泉純一郎會談。據一名日本政府官員說，盧武鉉在會談中直截了當對小泉說：「首相，你到靖國神社參拜，以及最近其他許多政客(對靖國神社)的參拜，是對韓國的挑釁。」

日本內閣官房長官安倍晉三在《朝日電視》的節目上，當被問及首相小泉純一郎的參拜是否損害到日本和鄰國的關係時說，「在現實中，這是真的，這就是為什麼身為政治人物的我們，必須認真地尋求解決方案。」安倍又稱，「我最喜歡中國人，亦主張大幅增加中國留學生的名額。」對於中國經濟發展，他不認為對日本是威脅，反而會帶來商機。

日本外相麻生太郎為首相小泉純一郎參拜靖國神社辯解說，世界上沒有一個國家禁止以國家最高榮譽來祭拜為祖國獻出生命的人，對他們表示敬意和感謝是理所當然的事。麻生又稱，「以前的首相大平正芳等參拜時，（靖國神社內）也祭祀著甲級戰犯，可卻不見出什麼問題。……參拜靖國神社是為了向為祖國犧牲的人們表敬意，這是國家的基本原則，小泉首相是不會輕易讓步的。」

約130名來自日本自民黨、公明黨和民主黨的國會議員成立「考慮建立國立追悼設施之會」，目的是要通過設立新的追悼設施，解決首相小泉純一郎參拜靖國神社引起中韓等國抗議的問題。

日本《產經新聞》報道，部分日本議員原本計劃於11月赴韓國與當地議員參與一場友誼足球賽。然而，日本首相小泉純一郎剛剛於10月17日再次參拜靖國神社後，韓方表示「顧及到韓國國內的國民情感，希望參拜過靖國神社的議員不要出席」，日方因此決定取消比賽計劃。

日本空中自衛隊發言人表示，他們的戰機自今年四月至十月七個月內曾三十次起飛攔截相信是來自中國的戰機。此外，日本戰機本月亦曾起飛進行攔截，但沒有透露起飛次數。這個數目超過1998年全年中國飛機迫近日本領空30次的最高紀錄。另日本《產經新聞》報道，中國偵察機曾飛越東海天然氣油田上空。

美國總統布殊在記者會上，被一名日本記者問及美國在中日關係上可以扮演甚麼角色時說，「我可以做的，是促請中日兩國領導人對話，把過去擺在背後，向前邁進，而且希望南韓領導人也能這樣做。」布殊又稱，中韓兩國應在對日關係上拋開歷史包袱，「美國和日本曾經各自向對方宣戰，但我們現在已經化敵為友。換句話說，忘記過去是可能的，雖然這很困難。」

就公明黨代表神崎武法要求首相、外相、官房長官保持克制，不要參拜靖國神社一事，日本新任官房長官安倍晉三表示，「我的想法就是已經說過的那樣」，意味他將繼續參拜的意向。

新加坡《聯合早報》報道，國務資政吳作棟接受日本《朝日新聞》專訪時稱，日本首相小泉純一郎參拜靖國神社，引起本區域許多國家的敏感反應，事實上也讓他本身陷入了沒有選擇的境地。因為其他國家越是施予壓力，作為一國領導人，他就更要表現自己不受動搖，只得選擇繼續參拜。吳作棟又指，新加坡有許多人也曾在日本佔領時期慘遭屠殺。然而，新加坡的國民講求實際，這段歷史已經過去，日本已做了足夠的補償，因此日本和新加坡之間已建立了牢固的友好關係。

日本公明黨舉行第4屆全國代表者會議，該黨領袖神崎武法表示，身居政權中樞的首相、外相和官房長官在參拜靖國神社問題上應該自行約束，不應參拜靖國神社。

日本東京都知事石原慎太郎在華盛頓發表講演時說談及「南京大屠殺」，他表示「並不是說戰爭中日本人沒有在中國殺人，在南京也的確有過殺人行為。但是以當時日本軍隊的裝備，不具備在6星期內殺死40萬人的能力 ....... 還有很多一級資料遺留下來，日本和中國應該合作進行對歷史的正確分析及反省。」

中國被擄往日本勞工聯誼會和中國勞工對日索賠中國律師團向日本三菱綜合材料株式會社上海事務所、日本住友金屬礦山上海事務所、日本同和礦業上海事務所、日本大成建設上海事務所和日本熊谷組上海事務所的在華機構發送勸告書，希望他們以公司的名義向被奴役的中國勞工及遺屬道歉和賠償。中國勞工對日索賠中國律師團律師康健說，這五家日本公司均在當年強迫中國勞工做苦役的三十五家日本公司之列，「戰爭結束直至今日，這些公司既未向被奴役的中國勞工賠禮道歉，也未賠償。」

剛卸任的外相町村信孝則承認，由於靖國神社問題的存在，日中和日韓關係相對而言「發展不順利」。他又解釋自己在任期內未去參拜靖國神社，「我擔心在首相聲稱一定會去參拜靖國神社的情況下，如果外相也去參拜，那日中和日韓之間恐怕會連工作性會談都無法進行下去。」

日本自民黨通過修改和平憲法的最後文本，建議將改名自衛隊為自衛軍，由首相擔任最高統帥，「除了自衛所需的活動……部隊可以根據國際合作，參與旨在維持國際和平與穩定的努力，以及維持我國的基本公共秩序。」由於文本沒有為「維持國際和平與穩定」給予清晰定義，這意味日本自衛隊將來可借「維持國際穩定」之名參與海外戰事。至於憲法第九條，最後文本保留「日本……放棄以國家權力發動的戰爭、使用武力或武力威脅作為解決國際爭端的手段」的條款，卻刪除了「為達到前述目的，不保持海、陸、空及其他戰爭力量」的一節。憲法第九條亦會由《放棄戰爭》易名為《國家安全》。另外，文本雖維持日皇為國家象徵、僅負責禮節性職務的條文，卻淡化了政教的分野，指國家可在社會習俗的框架下參與宗教活動，為首相參拜靖國神社開綠燈。

國際人權團體國際特赦組織（Amnesty International）在曼谷發表報告，指慰安婦是「最令人痛心的性奴役案例」，並符合「戰爭犯罪」、「反人道罪」的定義，認為日本政府向慰安婦賠償「不單單是道義上的義務」。國際特赦組織區域總裁帕娜‧森在記者會上說，日本以往的道歉「不足夠、含糊、不為生還者所接受」。

訪日的韓國外交通商部長官潘基文與日本外相町村信孝會談時稱，他是懷著十分沉重的心情來參加這次會談的，日本首相小泉純一郎再次參拜靖國神社使韓國國民非常失望，是對韓國國民感情的踐踏。潘基文又表示，在目前這種嚴峻的氣氛下難以確定韓國總統盧武鉉能否按原定計劃訪問日本。

日本參議院通過《反恐怖對策特別法修正案》，讓日本自衛隊在印度洋上為美軍等艦艇提供補給活動的期限延長1年。

日本甲府地方法院駁回280名原告的集體訴訟，認為現有法律沒有針對這一內容的起訴規定，而訴訟也不符合行政訴訟。原告指日本政府向海外派遣自衛隊，觸犯日本和平憲法，要求政府向每名原告賠償1萬日元。

日本內閣為回答民主黨黨議員的質詢，通過了有關日本首相小泉純一郎參拜靖國神社的解答辯文。答辯公文指「對於遠東國際法庭以及聯合國戰犯法庭所判的刑，並不是按照日本國內法所作的判決」，故此日本國內並不存在如國際上所說的A、B、C級二戰戰犯。05年5月，屬自民黨的勞動副部長森岡正宏曾發表類似見解而遭外界批評，當時內閣秘書長細田博之發表聲明說，「政府見解與之有很大的不同，不容混為一談，也不在議論範圍內。」

答辯公文並稱只要以悼念為目的，不採取神道的儀式，「即使是處於首相位置上的人，只要以個人的身份參拜就與憲法無關，不會發生問題」，也不違反規定「政教分離」的日本憲法。

東京地方法院判決廿五名台灣痲瘋病人勝訴，日本厚生勞動大臣須取消拒絕賠償的決定。東京地方法院法官菅野博之說，基於平等對待原則，且有關法律旨在全面協助過去的痲瘋病人，很難解讀成僅特定地區的人獲賠償。根據判決，廿五名台灣原告，可以獲得每人八百萬至一千四百萬日圓賠償。不過，南韓小鹿島更生園一百一十七名痲瘋病患向日本政府求償官司，卻因法官認為《漢生病補償法》不適用海外療養院而判決敗訴。 二十五名原告是日治時期遭強制隔離於台灣樂生療養院的痲瘋病人。

中國外交部發言人孔泉在外交部例行記者會中重申，日本首相小泉純一郎必須為他一而再、再而三違背承諾，連續五次參拜靖國神社的作為，承擔所有嚴重的政治後果。在當前氣氛下，中日領導人在APEC會議期間會晤的可能性微乎其微。

韓國《東亞日報》報道，美國眾議院外交委員會主席海德在10月20日以「書信外交」的方式，寫信給日本駐美國大使加籐良三，指「靖國神社是第二次世界大戰的歷史遺留問題，並已成為發動太平洋戰爭的軍國主義的象徵」，批評日本首相小泉純一郎及國會議員參拜靖國神社。他又指，遠東國際軍事法庭對日本甲級戰犯做出的審判不是戰勝國強加給戰敗國的正義，而是真正的正義。

日本《產經新聞》報道，日本政府已向美國表示，將引進大型高速運輸艦，作為戰鬥部隊和物資集聚的移動性海上基地。報道指，擬引進的高速運輸艦將大於目前自衛隊最大軍艦、1萬3500噸的「摩周型」補給艦，甲板可可升降直升機及偵察機等軍機。

日本外相町村信孝在朝日電視台的節目中表示，「一直以來，我們常常以為日本最好什麼都聽中國的，不應堅持自己的主張，以及要保持相當低調的姿態。但我認為，認真聆聽另一方的同時，我們也應說出我們認為正確的事。」町村說，日本須與中國建立一種「更為平等」的新型外交關係，而不是「一味遷就和滿足」對方。町村更指出，首相小泉純一郎五度參拜靖國神社是「基於國家利益，表明他不會屈服於外國的壓力」。

日本媒體報道，日本最大商會「日本經濟團體連合會」（日經連）主席兼豐田汽車社長奧田碩於9月26日到北京拜會中國總理溫家寶，同行還有「日經連」兩位副主席——日本鋼鐵聯合公司集團總裁三村（音譯），以及住友商事社長宮原賢次，他們與溫家寶談及日本首相小泉純一郎參拜靖國神社問題，以及中日雙邊經濟關係。奧田碩返回日本後，在一個經濟財政諮詢會上與小泉會談過10分鐘，至30日再訪北京與中國國家主席胡錦濤會面。 小泉在10月17日參拜靖國神社後，日本企業聯合會發表聲明指小泉前往靖國「看來是私人性質，就好像其他公眾人士前往參拜一樣，並且已小心考慮國內情況及國際關係」。

中國國民黨主席馬英九在國民黨中常會發表聲明，「對於日本首相小泉純一郎於十月十七日再度參拜靖國神社，公然挑戰日本的和平憲法與司法判決，本人深感遺憾，並在此代表中國國民黨表達嚴正抗議。」

日本首相小泉純一郎與日本最大在野黨民主黨的代表前原誠司舉行黨魁討論說，「身為總理大臣」的他是「作為一個國民」參拜靖國神社的，他「不理解為什麼不能參拜」，並說「日中關係並不是完全由靖國神社問題決定的」。

日本《每日新聞》報道，在18日互聯網上出現偽造的雅虎新聞網站，發佈假稱是來自共同社美國通訊員的消息。假網站指「美國國防部在18日凌晨宣佈中國軍隊入侵琉球。日本海上自衛隊那霸基地派出P3C巡邏機前往東海油田附近巡邏時，遭中國軍艦砲擊，日本三架F-15戰鬥機緊急升空，出擊的5架中國蘇愷戰鬥機追蹤日本戰機而入侵琉球上空。」共同社和日本雅虎分別表示考慮用法律手段追究責任。

日本新力（Sony）新任董事長兼行政總裁霍華德．斯金格（Howard Stringer）首度訪華，馬上跟日本政界劃清界線。他說，「新力是一個真正全球化的公司，與政界無關。目前七成生意都來自日本以外的海外地區。」

香港傳媒報道，香港藝人古巨基和張柏芝17日到日本六本木美術館出席《日本文化交流年—2005香港電影節》，無辜牽捲入政治風波，遭被網民抨擊為「賣國賊」和「劣質崇日偶像」。

日本眾議院通過《反恐特別措施法》，日本海上自衛隊在印度洋為美軍等提供海上加油活動的期限將再延長一年。

投資興建上海「環球金融中心」的日本建造者森大廈株式會社宣佈，因原先的設計比較敏感，決定修改大樓頂部中間的的圓形孔洞造型，改以近似正方形的孔洞取代。大廈的外型曾遭批評形似日本軍刀，而樓頂的圓形孔洞則似日本太陽旗。

中國外交部發言人孔泉宣佈取消原定23日展開的日本外相町村信孝訪華活動，「鑑於目前中日關係面臨的嚴峻形勢，這次訪問不合時宜，中方不便接待。」孔泉又指日首相小泉純一郎這次參拜的性質非常嚴重，「違背了自己的承諾，破壞了中日關係的政治基礎，他必須對自己的錯誤行為造成嚴重政治後果承擔全部責任。」

《人民日報海外版》刊載文章，反駁日本首相小泉純一郎指參拜靖國神社「原本是內心的問題，別人不應該幹涉。不是外國政府說不的問題。」文章又稱，10月17日是中國人民熱烈慶賀神舟六號載人航天飛船返回艙成功著陸之日，小泉參拜之舉是對全中國人民的嚴重挑釁。

由日本超黨派議員組成的「大家都來參拜靖國神社國會議員之會」的101名國會議員集體參拜靖國神社。參拜的國會議員包括74名眾議員和27名參議員，自民黨幹事長武部勤、前幹事長古賀誠，及內閣府兩名副大臣西川公也和七條明亦在參拜之列。此外，另有94名議員派出助理代行參拜靖國神社。 武部勤在參拜後說，日本人參拜是理所當然的事。日本外務省則稱，日本公民有宗教自由，包括國會議員，在現時秋祭典往靖國神社參拜是很自然，政府無權干預，到靖國神社本身也不含政治性。

日本國土交通大臣北側一雄表示，首相小泉純一郎參拜靖國神社非常令人遺憾。他擔心這會對日中關係和日韓關係產生不良影響，並成為東亞地區穩定和發展的障礙。防災大臣村田吉隆則說，他曾要求小泉首相不要參拜靖國神社，這件事使他感到遺憾。

就日本首相小泉純一郎參拜靖國神社一事，中國駐東京大使王毅在東京緊急約見日本外相町村信孝，向日本提出強烈抗議，指小泉在中國人民慶祝「神舟6號」回航日前往參拜靖國神社，是對全體中國人民的嚴重挑釁，小泉必須承擔破壞中日關係的歷史責任。外長李肇星在北京也緊急召見日本駐華大使阿南惟茂，並且宣讀了中國抗議聲明。李肇星說，中方的誠意和努力不僅沒有得到應有的回應，相反，小泉卻執迷不悟地要在錯誤和危險的道路上走下去，這不能不使我們深感憤慨。小泉首相必須對自己的錯誤行為造成的嚴重政治後果承擔全部責任。任何人倒行逆施，都有負於兩國先人，有負於兩國子孫，最終必將是「搬起石頭砸自己的腳」。台灣外交部發言人呂慶龍則表示，台灣和日本關係友好，希望日本正視過去的歷史，更期盼以前瞻性思維展望未來。

日本外務省國際新聞官千葉明在答覆傳媒詢問時稱，「今日是秋祭的第一天，日方不知道中方為什麼選擇這一天讓神舟六號回來。」

香港傳媒報道，日本自民黨公佈憲法修訂草案，提出削弱政教分離原則，讓日本政府官員「在符合社會習俗的範圍內」，可參與宗教活動。

日本共同社報道，日本軍方消息於13日透露，疑為中國軍方電子戰數據收集機的飛機曾在9月下旬再次飛臨日本九州及位於西南諸島以西的東海公海區域上空,估計是執行偵察活動。 日本自衛隊的戰鬥機為此緊急起飛戒備。

台灣原住民控告日本首相小泉純一郎參拜靖國神社訴訟原告方辯護團事務局長中島光孝表示，儘管原告方對有關小泉參拜沒有侵害原告方法律權利和利益的判決感不滿，但判決明確認定參拜行為違反憲法第20條第3項這一點值得肯定，違憲判決將是對小泉的嚴厲警告，因此決定不再上訴。

日本政府宣佈，日方將在中國政府的合作下，於10月12日至11月23日挖掘和回收吉林省敦化市的侵華日軍遺棄化學武器。

日本經濟產業大臣中川昭一表示，中國已派出數艘裝載有大量輸送管的船艦，前往東海爭議油氣田海域，目的可能是用來鋪設輸送管道，將油氣送回中國。中川昭一警告，若證實中方正在東海興建輸送油管，日本將以果敢的態度處理東海問題。

國民黨主席馬英九接受日本《產經新聞》訪問時稱，釣魚台主權問題有待將來解決，如果日本同意，可以交付國際法院解決，不過漁權關係漁民生計，所以不應在釣魚台海域畫出境界線。

《日本經濟新聞》報道，日本自衛隊擴大任務的詳細內容已列入美日共同草擬的中期軍事報告書中。報道稱，報告建議日本自衛隊在國際社會展開反恐行動及發生災害時，將負起與美軍以及其他國家軍隊同等任務，如日本自衛隊派遣P3C偵察機以及神盾級戰艦，在反恐行動中協助美國偵查和對付恐怖分子。

日本文部科學省公佈的統計數字顯示，由新歷史教科書編撰會編寫的新歷史教科書預計採用量為4912冊，採用率為0.4%。新歷史教科書編撰會在2001年獲文部科學省審定通過的歷史教科書，採用率為0.039%，採用量為521冊。

日本廣島縣議會以多數贊成票通過一項處罰條例，限制右翼團體等組織使用宣傳車作街頭宣傳，條例將於06年1月1日起執行。這是日本國內首次通過限制街頭宣傳車的條例。據廣島縣警方介紹，該縣共有30個擁有街頭宣傳車的右翼團體，有不少企業因為拒絕購買這些團體的書籍，或是拒絕提供贊助，而受到街頭宣傳車騷擾。警方認為，「這種以施壓的方式達到不當要求，以金錢為目的的所謂街頭宣傳必須取締。」

日本高松高等法院就首相小泉純一郎參拜靖國神社的訴訟案作二審判決，高院未對小泉是否違反憲法作出判斷，但認為小泉的參拜沒有直接侵害他人的信仰自由，所以維持一審判決，判由四國地區七十餘名戰歿者遺屬和宗教人士組成的原告團敗訴。

日本政府在國會內舉行安全保障會議，通過將《反恐特別措施法》再次延長一年的修正案。

中國勞工對日索償案律師團表示，早前向二戰期間強擄中國人赴日做苦工的日本臨港集團及三井礦山株式會社發出「勸告書」，要求向受害人道歉並賠償；但「勸告書」發出1個月後，日企臨港集團書面回覆稱「案件訴訟期間，不適宜回答」，而另一日企三井礦山株式會社則至今沒有任何回覆。

日本《共同社》引述政府官員透露，日本海上自隊P3C反潛偵察機於九月九日在東海飛行時，首次在東海的春曉油氣田附近，發現五艘大型解放軍軍艦。其中一艘中國軍艦的一百毫米口徑聯裝炮機槍曾一度指向日本偵察機。