Il nome formale del Governo Ferengi è Alleanza Ferengi. Il leader dell'Alleanza è il Grande Nagus: costui è la persona che organizza i negoziati su larga scala tra i Ferengi e le altre organizzazioni come la Federazione od i Cardassiani. Controlla la distribuzione delle zone commerciali e raccoglie i vantaggi delle operazioni commerciali. È il Ferengi più scaltro, avido ed intelligente e possiede un grande potere sul commercio Ferengi. Comunque sia non è detto che fra le doti del Grande Nagus ci sia l'onestà, anzi, molte delle volte raggiunge tale carica grazie a numerose operazioni illecite.
Il primo Grande Nagus è stato Gint: fu lui a scrivere la prima Regola dell'Acquisizione, numerandola come 162, per avere una maggiore richiesta sulle prime 161. In Deep Space Nine il titolo di Grande Nagus è di Zek.
Per garantire l'ordine nell'Alleanza esistono alcune associazioni che fanno capo al Governo Ferengi. La più importante è sicuramente l'Associazione del Commercio Ferengi (FCA). Questa è forse l'associazione più potente e temuta dell'Alleanza: il solo nominarla intimorisce qualsiasi Ferengi. Nonstante il loro grande potere, molte di queste associazioni hanno giurisdizione solo su Ferenginar; la FCA tuttavia ha potere su tutti i Ferengi che mantengono contatti commerciali con l'Alleanza. La FCA tiene conto di tutti i guadagni del singolo e della famiglia, dei beni materiali, affari e proprietà. Ogni anno è obbligatorio consegnare un rapporto sui guadagni ottenuti durante l'anno. Stilare rapporti errati non è una cosa molto rara, siccome molti Ferengi si dimenticano di includere alcuni delle loro entrate nel rapporto. La pena per questo tipo di reato è decisamente severa: quando la FCA trova un rapporto incompleto, non corretto o comunque che va contro la Legge od il Codice Ferengi, incarica un Liquidatore Registrato di ispezionare il posto di lavoro del Ferengi incriminato. Il Liquidatore Registrato (se non corrotto con una tangente durante l'ispezione) informa il trasgressore dell'infrazione e della pena che deve scontare e quanto tempo ha per espiare le proprie colpe. Il Liquidatore Registrato interrompe qualsiasi attività commerciale del trasgressore ponendo il simbolo dell'Alleanza sul muro del negozio e di casa (in Family Business (DS9) Quark viene accusato di supervisione impropria su di un parente e sul suo locale viene posta la cosiddetta Mandato di responsabilità). Ogni attività viene sospesa sino a scontata pena.