Lee memenangi pingat perak pada Sukan Olimpik 2008 dan 2012. Dia diberikan pencen masa hidup RM 3,000 sebulan. Lee mendapat penghormatan dengan Darjah Setia Pangkuan Negeri (DSPN), melambangkan gelaran Dato 'oleh Gabenor Pulau Pinang, Tun Abdul Rahman Abbas.
Lee dijadikan Duta Besar Negara Malaysia untuk UNICEF pada tahun 2009. Beliau dianugerahkan anugerah Darjah Bakti (DB), dari Tuanku Mizan Zainal Abidin atas kejayaannya dalam Sukan Olimpik 2008. Lee telah menjadi Duta Besar untuk Kolej Universiti KDU pada tahun 2011.
Lee memenangi Anugerah Penang Sportsman pada tahun 2005 dan enam kali berturut-turut dari tahun 2007 hingga 2012. Dia dianugerahkan Anugerah Olahragawan Kebangsaan dan Anugerah Pemain Terbaik BWF Empat Kali. Lee memenangi Anugerah TYT Prime Trophy dan Olympian of the Year Award sebanyak tiga kali dan masing-masing dua kali. Beliau dianugerahi Anugerah Persatuan Sukan Malaysia (SAM) pada tahun 2008. Lee dinamakan Ikon Paling Popular di Anugerah Televisyen oleh RTM pada tahun 2013.