Mientras la escuela Rinzai se desarrollaba independientemente en Japón entre los siglos XIII al XVII, la escuela china Linchi continuaba evolucionando a su propia forma. Entre los cambios más notables estaba la incorporación de las escuelas Kuei Yang, Tsao Tung, Yunmen, y Fayen dentro de la escuela Linchi, y la mezcla de la Tierra Pura y los elementos esotéricos en la práctica Zen.

Desde antes del período Tokugawa (1603-1868), los sacerdotes chinos habían vivido en la ciudad comercial de Nagasaki para servir la comunidad china residente allí; desde mediados del siglo XVII los Maestros chinos comenzaron a llegar al puerto para enseñar Zen tal como era practicado entonces en China. El primero en llegar fue Daozhe Chaoyuan 道者超元 (J., Doja Chogen, 1660), quién enseñó en Nagasaki desde 1651 hasta 1658. Sin embargo, el linaje que iba a desarrollarse dentro de la escuela Obaku japonesa fue la del maestro Yinyuan Longqi 隱元隆琦 (J., Ingen Ryuki, 1592–1673).

Yinyuan era nativo de Fuqing, en la actual Fujian; su nombre familiar era Lin. Al principio de su vida era un granjero, pero comenzó el entrenamiento espiritual a la edad de veintitrés años, siguiendo una experiencia religiosa una noche mientras estaba sentando bajo un árbol. A la edad de veintinueve años ingresó en el templo Huangbo Wanfu si 黄檗萬福寺, y estudió bajo la supervisión de varios maestros hasta que recibió la transmisión de Miyun Yuanwu 密雲圓悟 (J., Mitsu’un Engo; 1566–1642). Cuando Feiyin Tongrong 費隠通容 (J., Hi’in Tsuyo; 1593–1661), discípulo de Miyun, asumió la abadía de Huangbo Wanfu si, Yinyuan se convirtió en el monje principal, y posteriormente fue nombrado como sucesor en el Dharma de Feiyin. Consecuentemente, Yinyuan fue abad de varios templos, incluido el de Wanfu si.

En 1654 Yinyuan partió para Japón, estableciéndose en Nagasaki. Allí se convirtió en abad de Kofuku-ji 興福寺, y, al año siguiente, también del cercano Sofuku-ji 崇福寺. Posteriormente, en 1655, fue nombrado abad de Fumon-ji 普門寺, en la actual Osaka. En 1661, con el apoyo del shogunato, se fundó un templo por Yinyuan en Uji, al sur de Kyoto. Yinyuan llamó al nuevo templo Manpuku-ji 萬福寺, con el nombre de la montaña Obaku-san 黄檗山, en honor a la comunidad que él había dejado atrás en China. Manpuku-ji se diseñó según la arquitectura de los templos chinos contemporáneos, y su regla seguían el código monacal de su homónimo en China. En 1664 Yinyuan se retiró y se fue sucedido por su discípulo Mu’an Xingdao 木菴性瑫 (J., Mokuan Shoto, 1611–1684).

Manpuku-ji y los otros monasterios establecidos por el linaje de Yinyuan permanecieron con un fuerte carácter chino durante muchas generaciones. Los primeros trece abades de Manpuku-ji fueron todos chinos; el decimocuarto abad, Ryuto Gento 龍統元棟 (1663–1746), fue el primer abad japonés, pero fue seguido por varios sacerdotes principales chinos. El trigésimo-tercer abad, Ryochu Nyoryu 良忠如隆 (1793–1868) fue un sucesor en el Dharma de la importante línea Hakuin del maestro Takuju Kosen; desde ese momento, las enseñanzas de la escuela se han vuelto cada vez mas similares a las del Rinzai Zen japonés (todos los maestros pertenecen ahora al linaje Hakuin). Se han conservado prácticas como el nenbutsu y los rituales esotéricos, se realizan ceremonias como el canto de Sutras a la manera china, y la etiqueta a la hora de comer sigue las costumbres chinas.

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