Saber Marionette R como ya hemos dicho, fué la primera versión que fué lanzada a la televisión por el autor Satoru Akahori, lamentablemente hubo desajustes con el equipo de producción que condujo a la realización de Saber Marionette J, siendo una serie muy corta. Se le denomina R porque todos los sucesos se hicieron en Romana, alrededor del año 500 de Terra II, parece que en esa época se restableció por completo la mujer humana.

Bueno, la historia comienza cuando Máscara (Face), el hijo del Rey de Romana (un clon del rey de Romana) se revela contra su padre, y toma control de ejército del reino, declarándose como el nuevo gobernante, persigue incansablemente a su hermano Junior (hijo biológico del gobernante) para darle muerte y quedar como auténtico soberano. Máscara (Face), muere en el castillo del rey de Romana, en donde se disponía para su coronación.

En el año 800, la degeneración producida de las sucesivas copias de las marionetas originales con Otome Kairo (circuito vírgen que se desbocan y enloquecen) motiva la creación de nuevos circuitos para reemplazarlos. La práctica de los clones y producción de marionetas aún persiste a pesar de que la humanidad de Terra II se reproduce de manera natural, Lima (Lime), una de las copias es raptada misteriosamente del castillo de Romana.